1899 · 1910
Guerra de los Mil Días
En septiembre de 1899 se crea la Comisión de Estadística de la Academia, a cargo de los doctores Gabriel de J. Castañeda y Agustín Uribe. La Academia absuelve una consulta del ministro Marco Fidel Suárez, limitando la atención de los enfermos pobres de solemnidad en el Hospital de San Juan de Dios a los médicos, desterrando así a toda clase de curanderos y vendedores de específicos.
En octubre de 1899, por haberse iniciado la Guerra de los Mil Días, la Academia suspende labores hasta 1902.
Algunos académicos participan en la contienda, individualmente o como miembros de los cuerpos de ambulancias. Una de ellas está dirigida por el general y futuro académico Dr. Miguel Jiménez López.
El 20 de julio de 1900 se funda el Club Médico, con participación de todos los académicos residentes en Bogotá. Es su primer presidente el mismo presidente de la Academia, Dr. Juan David Herrera.
En 1901 el Dr. Juan B. Montoya y Flórez, de Medellín, introduce por primera vez los rayos X a Colombia.
El 22 de julio de 1902 se funda la Sociedad de Cirugía de Bogotá; su primer presidente es el académico Dr. Juan Evangelista Manrique.
La Academia reinicia sus labores en febrero de 1902 y acomete un estudio sobre las aguas del acueducto de Bogotá.
1904: nuevo hospital para Bogotá
El académico J. E. Manrique logra que se apruebe una proposición “recomendando la creación de un segundo Hospital para Bogotá” y dando vía libre para la creación del Hospital San José.
La Academia debate el tema de la reglamentación del ejercicio de la Medicina, a tiempo que se inicia el quinquenio o “dictadura” de cinco años del general Reyes.
1904: Asamblea Constituyente
Al Congreso Nacional lo ha reemplazado una Asamblea Constituyente.
El Gobierno prescinde de la Academia, iniciándose así una época de relaciones frías y distantes entre Gobierno y Academia, y encomienda el proyecto de reglamentación al Consejo Directivo de la Facultad de Medicina. Este es el que finalmente se aprueba mediante el Decreto 592 del 8 de junio de 1905. No satisface ni a la Academia ni al cuerpo médico colombiano.
Centenario de la Independencia Nacional
La Academia decide convocar el II Congreso Médico Nacional para el 20 de julio de 1910.
Por haberse suspendido el apoyo del Gobierno Nacional entra en receso la Revista Médica. Por falta de apoyo del Gobierno Nacional languidece el proyecto del II Congreso Médico Nacional y, por ello, se busca la cooperación de otras entidades médicas.
El Comité integrado por los académicos Martín Camacho, Roberto Franco, Federico Lleras Acosta y Guillermo Gómez lo lleva a feliz término.