1. La existencia de un Plan Obligatorio de Salud (POS) indefinido y construido sin participación de la comunidad médica, ni de los usuarios que no se actualiza periodicamente con base en criterios demográficos ni epidemiológicos.
2. La desigualdad de los planes de beneficios que evidencia una falta de equidad ya que su acceso no debería limitarse según la capacidad de pago de las personas, porque conduce a la aberrante realidad de materializar con ello un derecho a la salud de mejor categoría y mejor financiado para los ricos y otro mas precario para los pobres.
3. La tercera falla es la falta de cobertura universal. La Corte comprueba que el Sistema de Salud en el país aún no se ajusta al principio de universalidad, uno de los principios fundamentales de la seguridad social contemplados en el artículo 48 de la Constitución y en la misma Ley 100.
4. La cuarta falla de regulación es la demora en los recobros por parte del Fondo de Seguridad y Garantía (FOSYGA) ya que pone en riesgo la sostenibilidad del sistema, y en tal medida, el acceso a la prestación de los servicios de salud que se requieren con necesidad.
5. La quinta falla del sistema es que la acción de tutela se ha convertido en el mecanismo principal para garantizar el goce efectivo del derecho a la Salud.

El último problema es el grave desconocimiento del derecho a la salud entre la población, en especial sobre cuales son los derechos de los pacientes y como es el desempeño de las distintas entidades prestadoras del servicio de salud.